捷島氣相色譜儀的色譜柱選擇要注意性及高使用溫度，柱溫不能超過高使用溫度。固定相按性相似的原則選擇。色譜柱的內徑大小、長度都能影響分離率。一般而言，內徑越小，長度越長，分離效果越好，一般柱長為1m-5m(毛細管柱則20m-100m)。

　　填充劑顆粒一般采用40目-60目，60目-80目及80目-100目大小。長柱子宜用粒度大些的，以減少柱壓降，短柱子則用粒度細的。

　　捷島氣相色譜儀的氣相色譜中固定液的含量對分離效率的影響較大。一般采用固定液與載體重量之比為15︰100-25︰100。采用高靈敏度的檢測器，由于進樣量減少，固定液含量可以降5︰100以下。這樣可以使用較低柱溫，從而提高柱效，縮短分析時間。但固定液用量太少會引起吸附。

　　捷島氣相色譜儀色譜柱的柱溫選擇：

　　柱溫選擇對分離度影響很大，常是條件選擇的關鍵。選擇的基本原則是在使難分離的組分有盡可能好的分離高度的前提下，盡可能采取較低溫度，但以保留時間適宜及不拖尾為度。

　　1.高沸點混合物(200℃-400℃)，若需在較低的柱溫下分析，可采用低固定液配比1％-3%，采用高靈敏檢測器，柱溫可比沸點低100℃-150℃，在200℃-250℃的柱溫下分析。

　　2.沸點＜300℃的樣品，可用3％-25%固定液配比。沸點越低，所用配比越高，柱溫可比平均沸點低50℃平均沸點的范圍選擇。